В центъра се оказва ежедневна, почасова комплексна рехабилитация на деца със заболявания на периферната и централната нервна система, заболявания на опорно – двигателния апарат, родово - травматични заболявания, както и заболявания,  свързани със специфични разстройства в развитието на двигателната функция, специфични разстройства в психологичното развитие, специфични разстройства в развитие на речта и езика и заболявания от  аутистичния спектър.

В ЦКОДУХЗ – Благоевград са разработени амбулаторни програми за индивидуална работа с деца и за групова работа с деца с участие на родителя/настойника.